תלמידי בית-הספר ליפתא הגיעו אליו לאחר שבבתי הספר הקודמים התקשו להביא את יכולתם האינטלקטואלית לידי מימוש ולהצליח, ולבסוף נשרו. לעתים קרובות היה זה בשל ליקויי למידה שלא אובחנו או לא טופלו בזמן, ו/או בשל קשיים רגשיים, חברתיים או משפחתיים שמנעו מהם להיות פנויים ללמידה.

לכן, לחלק מתלמידי בית-הספר פערים משמעותיים בחומר הלימודי, בהרגלי למידה ולעתים אף במיומנויות קריאה וכתיבה, ביחס למצופה מהם על-פי תכניות משרד החינוך ובאופן יחסי ליכולתם האינטלקטואלית.

​

​

בבית-הספר ליפתא מושם דגש על למידה בקבוצות קטנות ועל בניית תכניות לימודים אישיות המותאמות לכל תלמיד ומאפשרות לו להתקדם בקצב האישי שלו. לכל תלמיד יש מערכת שעות משלו, שנבנית לפי רמתו במקצועות החובה (שיפורטו להלן), העדפותיו האישיות והמקצועות אותם הוא לומד לקראת בחינות הבגרות. כל זאת על בסיס מצבו הלימודי והערכת יכולותיו בעת הקבלה לבית-הספר..